В нео-Токио будущего, где кибернетические тела стали обыденностью, разворачивается история Мотоко Кусанаги, киборга с загадочным прошлым. Она - лидер элитного подразделения “Девятый отдел”, охотящегося на киберпреступников в мире, где грань между человеком и машиной неуловима. Столкновение с опасным хакером, известным как Кукловод, заставляет Мотоко задуматься о своей идентичности и природе сознания. Сериал “Призрак в доспехах: Истоки” исследует корни её становления, альтернативные архитектурные ландшафты будущего и борьбу за человечность в эпоху технологий.